Sykdomsforløpet i Huntingtons sykdom kan inndeles i ulike faser avhengig av funksjonsnivå. Hos personer som har arvet genforandringen og som ikke har fått diagnosen snakkes det om en presymptomatisk og en prediagnostisk fase.
Etter at diagnosen er stilt inndeles sykdomsforløpet i tre faser: En tidlig fase, en midtfase og en senfase. Vær oppmerksom på at inndelinger i fasene er individuelle, kan gli over i hverandre og en fase kan videreføres til neste fase svært forskjellig.